Den E39 M5 er utstyrt med flere unike eksteriør kosmetiske elementer som skiller den fra andre 5-serie modeller. The front har en forstørret grill med bredere kromlister rundt "nyrene" samt en unik M-Technic airdam med netting over sentrale inntaket. Den bakre delen av E39 M5 kan bli preget av en liten kropp-farge lip spoiler (deletable på forespørsel) samt en unik bakre støtfanger og lavere diffusor som inkorporerer to par doble eksosutslipp. Det er også M-designet sidespeil (som kan slåes opp elektrisk), den unike 18-tommers M Parallel Snakket II lettmetallfelger og tre "M5" merkene som pryder utsiden av bilen, en på hver av side listverk og en tredjedel på bagasjelokk. Mest E39 M5s var utstyrt med høyglans Shadowline (svart) vindu trim om krom fra standard E39 kan spesifiseres som en gratis alternativ i de fleste markeder. Alle E39 M5s har klare blinklys linser.
