Er batteriene helt like og kjøpt inn samtidig? Du burde kanskje hatt en skillediode der, sånn at ikke batteriene kan tappe hverandre.
Sjekk jording mellom batteri og jord, mål spenning over batteriet når du ikke trekker strøm, da skal den ligge et stykke over 12V, om jeg ikke husker helt feil, bør den være 12,7.
Mål spenning på batteriet med motoren igang uten anlegget på. Den bør ligge mellom 14 og 14,4V.